Jean-David Waeber a étudié l’orgue avec Jean-François Vaucher au Conservatoire de Lausanne puis avec Maurizio Croci à la Haute Ecole de Musique de Lausanne, parallèlement à des études de Lettres à l’Université de Fribourg. Après l’obtention d’un Bachelor puis d’un Master de concert, il se perfectionne dans l’étude de la musique ancienne à la Civica Scuola di Musica de Milan avec, principalement, Lorenzo Ghielmi. Il y obtient un diplôme. Il a également suivi des masterclass en Suisse et à l’étranger avec des personnalités comme Luigi Ferdinando Tagliavini, Michael Radulescu, Pieter van Dijk, José Luis Gonzalez Uriol, Maurizio Salerno ou Hans Davidson. Il est également diplômé dans des domaines voisins de la musique d’orgue comme le chant, l’improvisation et la direction chorale. Il s’est perfectionné dans ce dernier domaine auprès de Markus Utz à la Haute École d’Arts de Zürich où il a obtenu un CAS. Jean-David Waeber pratique régulièrement la musique de chambre au clavecin et à l’orgue et joue régulièrement avec des orchestres (Orchestre de Chambre de Lausanne, Orchestre de Chambre de Fribourg, Ensemble Valéik, Orchestra della Civica Scuola di Musica Claudio Abbado, etc.).